Ketika cahaya misterius tiba-tiba menyelimuti Bumi, umat manusia menjadi membatu, membeku di dalam batu. Ribuan tahun kemudian, dunia dipenuhi dengan tumbuh-tumbuhan, dan hutan telah menggantikan kota-kota yang dahulu berdiri megah. Salah satu orang pertama yang keluar dari penjara batu mereka adalah Taiju Ooki, yang menemukan bahwa teman baiknya, seorang ilmuwan muda brilian bernama Senkuu, telah mempersiapkan kebangkitannya. Sementara Taiju ingin menyelamatkan gadis yang dicintainya, Senkuu bertekad untuk mencari tahu penyebab di balik fenomena aneh tersebut dan mengembalikan dunia ke kejayaannya. Namun ketika mereka membebaskan Tsukasa Shishiou yang sangat kuat agar bisa mengatasi bahaya di dunia asing, mereka menyadari bahwa kawan baru mereka punya rencana lain. Tsukasa melihat kesulitan mereka sebagai peluang untuk memulai kembali; bebas dari korupsi dan kehancuran yang disebabkan oleh teknologi, ia tidak akan berhenti untuk mencapai tujuannya. Karena kedua belah pihak tidak dapat saling berhadapan, Senkuu dan pengabdiannya pada sains akan berbenturan dengan Tsukasa dan sifat aslinya dalam pertempuran abadi yang sesungguhnya.
