Bokura no Ame-iro Protocol atau dikenal Protocol: Rain, Menceritakan Shun Tokinoya adalah siswa sekolah menengah tahun kedua yang tinggal bersama ibu dan adik perempuannya. Setelah ayahnya tewas dalam kecelakaan dan saudara perempuannya terluka, dia berhenti dari permainan yang disukainya dan sekarang bekerja di kafe esports bernama "FOX ONE." Dia menghabiskan seluruh waktunya untuk belajar dan bekerja paruh waktu, sekaligus bersosialisasi dengan teman-teman bermain game masa kecilnya. Tiba-tiba, dia mengetahui bahwa "FOX ONE" terlilit hutang. Shun dan teman-temannya berharap bisa memenangkan "Kejuaraan Xaxerion" dan hadiah uang untuk melunasi hutang mereka. Shun kembali ke dunia game online, di mana dia dihadapkan pada Bakuretsu-kun, yang biasa bermain game dengannya.
