Serial Spy Kyoushitsu atau dikenal Spy Classroom, menceritakan Satu dekade yang lalu, umat manusia menyaksikan potensi senjata yang mematikan akibat Perang Besar. Untuk menghindari bencana lain, pemerintah di seluruh dunia melakukan spionase untuk memenuhi agenda mereka. Di Republik Din, Lily adalah seorang gadis muda yang antusias yang bercita-cita menjadi mata-mata dan mengabdi pada negaranya. Namun, dia mulai meragukan kemampuannya, karena dia kesulitan untuk berprestasi secara akademis. Gairah Lily muncul kembali ketika dia ditawari kelulusan sementara dengan bergabung dengan tim mata-mata Lamplight, yang dengan penuh semangat dia terima meskipun peluangnya penuh teka-teki.
